每抓到一个，都带到方孝孺的面前，让他看看，再行千刀万剐，一共杀了七天，八百七十三人。方孝孺镇定自若，不为所动，还忙里偷闲，做了一首绝命诗，古色古香——“天降乱离兮，孰知其由？奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉兮，孰不我尤！”平心而论，诗做得很一般。当弟弟方孝友被捆到他的面前时，他罕见地留下了眼泪。方孝友也做了一首七绝告别哥哥：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧回家山。”看来这弟兄俩还真是一样的驴脾气。八百多人杀完了，轮到方孝孺了，他被凌迟处死后拆散骨骸弃之。他的学生也是高干子弟、德庆侯廖永忠的两个孙子廖镛、廖铭，偷偷捡拾他的骨骸葬于聚宝门外山上。这两个仗义的学生旋即被杀。
除去杀的人，此案还入狱、充军、流放一千多人。方孝孺的诗文在永乐年间是禁书，谁敢藏有，杀头。方孝孺死了，被用世界上最残酷的杀人法杀死了。在此之前，八百多姓方的、不姓方的，和方有血缘关系、没血缘关系，甚至连面都没见过的人像牲畜一样被杀掉了。他眼皮都没有抬一下，他为赏识自己的二十六岁的皇帝殉葬了，顺便拉上了自己的亲戚朋友。他光辉万丈的声名生长在如河的血流中。
直到明仁宗即位，喻礼部：“建文诸臣，已蒙显戮。家属籍在官者，悉宥为民，还其田土。其外亲戍边者，留一人戍所，余放还。”到万历十三年三月，也就是方孝孺死后一百八十三年，“释坐孝孺谪戍者后裔，浙江、江西、福建、四川、广东凡千三百余人”。“有诏褒录建文忠臣，建表忠祠于南京，首徐辉祖，次孝孺云”。
被害人方孝孺被凶手朱棣的后人平了反.
孝孺之死，宗族亲友前后坐诛者数百人。其门下士有以身殉者，卢原质、郑公智、林嘉猷，皆宁海人。
原质字希鲁，孝孺姑子也。由进士授编修，历官太常少卿。建文时，屡有建白。燕兵至，不屈，与弟原朴等皆被杀。
公智字叔贞；嘉猷名升，以字行。皆师事孝孺。孝孺尝曰：“匡我者，二子也。”公智以贤良举，为御史有声。嘉猷，洪武丙子以儒士校文四川。建文初，入史馆为编修。寻迁陕西佥事。尝以事入燕邸，知高煦谋倾世子状。孝孺间燕之谋，实嘉猷发之。
胡子昭，字仲常，初名志高。荣县人。孝孺为汉中教授时往从学，蜀献王荐为县训导。建文初，与修《太祖实录》，授检讨。累迁至刑部侍郎。
郑居贞，闽人。与孝孺友善，以明经历官巩昌通判、河南参政。所至有善绩。孝孺教授汉中，居贞作《凤雏行》勖之。诸人皆坐党诛死。
孝孺主应天乡试，所得士有长洲刘政、桐城方法。
政，字仲理。燕兵起，草《平燕策》，将上之，以病为家人所沮。及闻孝孺死，遂呕血卒。
法，字伯通。官四川都司断事。诸司表贺成祖登极，当署名，不肯，投笔出。被逮，次望江，瞻拜乡里曰：“得望我先人庐舍足矣。”自沉于江。
成祖既杀孝孺，以草诏属侍读楼琏。琏，金华人，尝从宋濂学。承命不敢辞。归语妻子曰：“我固甘死，正恐累汝辈耳。”其夕，遂自经。或曰草诏乃括苍王景，或曰无锡王达云。
练子宁，名安，以字行，新淦人。父伯尚，工诗。洪武初，官起居注。以直言谪外任，终镇安通判。子宁英迈不群，十八年，以贡士廷试对策，力言：“天之生材有限，陛下忍以区区小故，纵无穷之诛，何以为治？”太祖善其意，擢一甲第二，授翰林修撰。丁母艰，力行古礼。服阕，复官，历迁工部侍郎。建文初，与方孝孺并见信用，改吏部左侍郎。以贤否进退为己任，多所建白。未几，拜御史大夫。燕师起，李景隆北征屡败，召还。子宁从朝中执数其罪，请诛之。不听。愤激叩首大呼曰：“坏陛下事者，此贼也。臣备员执法，不能为朝廷除卖国奸，死有余罪。即陛下赦景隆，必无赦臣！”因大哭求死，帝为罢朝。宗人府经历宋徵、御史叶希贤皆抗疏言景隆失律丧师，怀二心，宜诛。并不纳。燕师既渡淮，靖江府长史萧用道、衡府纪善周是修上书论大计，指斥用事者。书下廷臣议，用事者盛气以诟二人。子宁曰：“国事至此，尚不能容言者耶？”诟者愧而止。
燕王即位，缚子宁至。语不逊，磔死。族其家，姻戚俱戍边。子宁从子大亨，官嘉定知县。闻变，同妻沉刘家河死。里人徐子权以进士为刑部主事，闻子宁死，恸哭赋诗自经。
子宁善文章，孝孺称其多学而文。弘治中，王佐刻其遗文曰《金川玉屑集》。提学副使李梦阳立金川书院祀子宁，名其堂曰“浩然”。
徵，不知何许人。尝疏请削罪籓属籍。燕师入，不屈，并妻子俱死。
希贤，松阳人。亦坐奸党被杀。或曰去为僧，号雪庵和尚云。
茅大芳，名誧，以字行，泰兴人。博学能诗文。洪武中，
