1979年9月，平反后担任北京大学名誉校长，并增选为第五届全国人民代表大会常务委员会委员。
1981年2月27日，当选为中国人口学会名誉会长、顾问。
1981年3月29日，当选为中国经济学团体联合会第一届理事会顾问。
1982年5月10日，马寅初因病逝世。
1993年8月，获首届中华人口奖“特别荣誉奖”。
主要着作有: 《通货新论》(1944)、《战时经济论文集》(1945)、《我的经济理论哲学思想和政治立场》(1958)、《中国国外汇兑》(1925)、《中国银行论》(1929)、《中国关税问题》(1930)、《资本主义发展史》(1934)、《中国经济改造》(1935)、《经济学概论》(1943)、《新人口论(重版)》(1979)、《马寅初经济论文集(上、下)》(1981)等。 早在50年代初, 他就注意并开始研究中国人口增长过快的实际问题。在着名的《新人口论》中, 较系统的论述了中国的人口问题。提出了“我国人口增长过快”的命题, 认为1953～1957年, 中国人口很可能已超过1953年人口普查得出的年增殖率为20‰的结果。如果按1953年统计的20‰的增殖率估算, “三十年后同实际的人口数字一比, 就会差之毫厘而失之千里了”。并分别从加速积累资金、提高科学技术、提高劳动生产率和人民的物质文化水平以及增加工业原料等方面, 对控制人口的必要性、迫切性进行了论述: ①人口增长与资金积累的矛盾。他认为, 因为中国人口多, 消费大, 所以积累少, 只有把人口控制起来, 使消费比例降低, 才能多积累资金; ②搞社会主义, 就必须提高劳动生产率, 多搞大工业, 搞农业电气化、机械化, 然而, 为安排好多人就业, 就不得不搞中小型工业, 农业搞低效率劳动, 实际上是拖住了高 速度工业化的后腿; ③和工业原料的矛盾。大办轻工业可以有效地积累资金, 但是轻工业原料大多数来自农业。由于人口多、粮食紧张, 就腾不出多少地种诸如棉花、蚕桑、大豆、花生等经济作物。同时, 也由于农产品出口受到限制, 就不能进口很多的重工业成套设备, 影响了重工业的发展; ④全国人均不到3亩地, 大面积垦荒短期内又做不到, “就粮食而论, 亦非控制人口不可”。他尖锐地指出, 控制人口实属刻不容缓, 不然的话, 日后的问题益形棘手, 愈难解决。政府对人口若再不设法控制, 难免农民把一切恩德变为失望与不满。他提出了定期举行人口普查, 把人口增长纳入第二个、第三个五年计划的建议。
抗战时期
1927年（民国16年）3月，北京政府的张作霖封锁北京大学，蔡元培投奔国民政府，来到杭州，任浙江临时政治会议委员兼代理主席。蔡元培招聘北京大学教授马寅初、蒋梦麟等人参加浙江省建设。马寅初出任禁烟委员会委员，从事取缔鸦片工作，并且准备创设农民银行。但不久，张静江（张人杰）出任浙江省政府委员，蔡元培、马寅初等北京大学教授被逐出浙江省政府。马寅初乃任教于杭州财务学校，并兼任上海
浙江兴业银行总稽核。
1928年（民国17年）10月，马寅初成为立法院立法委员。翌年，当选立法院经济委员会委员长、财政委员会委员长。他还兼任南京国立中央大学、金陵大学、上海国立交通大学经济学教授。1931年（民国20年）九一八事变爆发后，马寅初发表《长期抵抗之准备》一文，批判蒋介石的“不抵抗政策”、攘外安内政策。1934年（民国23年），针对引发物价大混乱及对外金融政策失当问题，马寅初在立法院会议上激烈责难财政部长孔祥熙。
抗战胜利后，马寅初先后在北京大学、南京中央大学（现南京大学）、上海交通大学、重庆大学、浙江大学任教。分别担任北大经济系主任、教务长，重庆大学商学院院长，继续反对四大家族的官僚资本主义，痛斥国民党政府出卖民族利益。当李公朴、闻一多惨遭国民党特务暗杀消息传来，马寅初愤怒万分，写了遗书，告别大家，孑然一身穿蓝布长衫赴南京中央大学讲演，用大量事实揭露国民党反动派发动内战的罪行。当讲到物价飞涨时，指名道姓、抨击蒋介石，公开发表演讲，严正抨击蒋介石政权的战时经济政策，痛斥孔、宋贪污，要求开征“临时财产税”，重征发国难财者的财产来充实抗日经费，字字句句铿锵有力的演说，矛头直指“四大家族”。马寅初刚正不阿的性格和大无畏的举动，惹恼了蒋介石，因而被捕，并被关入了息烽集中营。因而罹罪，于1940年12月6日被捕，先后囚禁在贵州息烽和江西上饶。在社会舆论压力和中国共产党的营救下，1942年8月出狱，但仍被软禁在歌乐山上，限制与外界接触。有力地推动了当时国统区的反蒋爱国民主运动。他成了旧中国时代一个英勇不屈的民主战士。
在旧中国，马寅初不仅是享有盛誉的经济学家，而且是一位英勇不屈的民主战士。抗日战争爆发以后，在民族危机的紧急关头，他挺身而出，写文章，作演讲，反对官僚资本主义和通货膨胀，反对出卖民族利益和独裁统治。因为这些爱国行为，马寅初受到国民党反动派的迫害，被囚禁于集中营达数年之久，最后逃出。
马寅初是中国共产党的诤友。新中国成立之时，马寅初为新中国的诞生欢欣鼓舞，并积极投身于共和国的筹划和建设之中。1949年3月25日，在欢迎毛泽东主席、朱德总司令等中共中央领导人从西柏坡迁至北平的仪式上，马寅初竟不顾会场秩序，跑向周恩来乘坐的吉普车，大声对周恩来说：“遵照你的指示，我已
平安来到北平。”喜悦心情溢于言表。
马寅初是中国共产党的老朋友，正如他自己说过的，自1939年开始“无时无刻不与共产党在一起”。建国后，他以一个学者的专长，以主人翁的态度进言献策。
1949年8月出任浙江大学校长，9月，被选为中央人民政府委员，10月，被任命为政务院财经委员会副主任，12月，出任华东军政委员会副主席。1952年5月被任命为北京大学校长。1954年9月被选为第一届全国人民代表大会常务委员会委员。
新人口论
1953年，中国大陆进行了历史上第一次人口普查，结果表明，截止到1953年6月30日中国人口总计60l，938，035人，估计每年要增加1，200万人到1，300万人，增殖率为20‰。
这次人口普查引起着名经济学家、北京大学校长马寅初的注意，他对人口普查的结果表示怀疑。因为这次人口普查是采取抽样调查的方法，即将出生率减去死亡率得出实际增长率。马寅初认为这种调查方法不能概括全貌。据他了解，仅上海一地的人口净增长率就是39‰，能否用一个简单的算术公式就能说明中国的人口增长率为20‰呢？
马寅初经过三年的调查研究发现，中国人口的增长率是每年增长22‰以上，有些地方甚至到达30‰，这实在是太高了。如此发展下去，50年后，中国将有26亿人口。由于人多地少，恐怕连吃饭都成问题。于是，他将自己的研究成果写成“控制人口与科学研究”一文。1955年7月，一届全国人大二次会议召开，马寅初将写好的文章作为发言稿，交人大代表浙江小组讨论征求意见。马寅初曾描述过当时的情况:“小组会上除少数人外，其余的代表们好多不表示意见，好多不同意我的看法，且竟有人认为我所说的是马尔萨斯的一套，也有的认为说话虽与马尔萨斯不同，但思想体系是马尔萨斯的。虽然他们的意见我不能接受，但我认为都是出于善意，故我自动地把这篇发言稿收回，静待时机成熟再在大会上提出来。”
9月，周恩来在中共第八次全国代表大会的报告中指出，“为了保护妇女和儿童，很好地教育后代，以利民族的健康和繁荣，我们赞成在生育方面加以适当的节制。”马寅初看过报告后非常兴奋，他认为节育问题被中共中央提上了议事日程，看来可以公开谈论控制人口的问题了。
1957年2月，在最高国务会议第十一次（扩大）会议上，马寅初再一次就“控制人口”问题发表了自己的主张:“我们的社会主义是计划经济，如果不把人口列入计划之内，不能控制人口，不能实行计划生育，那就不成其为计划经济。”马寅初的发言当即受到毛泽东的赞赏。他说:“人口是不是可以搞成有计划地生产，这是一种设想。这一条马老讲得很好，我跟他是同志，从前他的意见，百花齐放没有放出来，准备放，就是人家反对，就是不要他讲，今天算是畅所欲言了。此事人民有要求，城乡人民均有此要求，说没有要求是不对的。”毛泽东还特别注意到，积极倡导计划生育的邵力子就坐在马寅初身旁，似乎是在表示对马寅初的支持。毛泽东一语双关地笑着说:“邵先生，你们两人坐在一起。”邵力子和马寅初听毛泽东这么一说，互相看了看，也开心地笑起来。
3月，在全国政协第二届第三次会议上，邵力子就计划生育问题做了长篇发言。他强调指出，现代人在生活、学习、工作等方面都可以有计划，在生育方面也必须有计划。他针对卫生部严格限制人工流产规定，提出“不造成以法令或权力限制人工流产”，建议修改婚姻法第四条“男20岁，女18岁，始及结婚”的规定，主张提高结婚年龄，宣传迟婚。他还主张大力向农村推行节育工作，不要对持久性避孕手术进行限制，等等。邵力子的发言，立即得到医学专家钟惠澜的支持。同时，也得到马寅初的大力赞同。但是，马寅初在计划生育采取什么方法的问题上却与邵力子有一点分歧。他们都主张避孕和推迟婚龄，但马寅初坚持反对人工流产。他认为有比人工流产更好的办法。这就是“最好是一对夫妇只生两个孩子，对只有两个孩子的父母加以奖励，而对超过两个孩子的父母要抽税”。
4月27日，马寅初在北京大学大饭厅发表人口问题的演讲，这是他1949年后第一次公开的学术演讲。在讲演中，马寅初讲述了几年来调查研究的结果。他怀着忧虑的心情说:“解放后，各方面的条件都好起来，人口的增长比过去也加快了。近几年人口增长率已达到30‰，可能还要高，照这样发展下去，50年后中国就是26亿人口，相当于现在世界总人口的总和。由于人多地少的矛盾，恐怕中国要侵略人家了。要和平共处，做到我不侵略人家，也不要人家侵略我，就非控制人口不可。”这句话，很快就传到了毛泽东的耳朵里，毛泽东见到马寅初时，严肃地对马寅初说:“不要再说这句话了。”马寅初也意识到自己说错了话，马上写了一张大字报，贴在北大校园里，公开做了自我批评。后来，他在撰写《新人口论》时，就确实没有再提出上述观点。6月，马寅初将《新人口论》作为一项提案，提交一届人大四次会议（全文发表于7月5日《人民日报》），这篇文章从10个方面论述了为什么要控制人口和控制人口的重要性与迫切性，以及如何控制人口等问题。
然而，这时一场由毛泽东亲自发动和组织领导的波澜壮阔的反右斗争，已经开始席卷全社会。马寅初当然也被波及，有人说他是借人口问题，搞政治阴谋，也有人说《新人口论》是配合右派向党进攻……，在这场扑面而来的急风暴雨中，马寅初弄不清这到底是怎么回事，为什么几个月前计划生育问题刚刚受到毛泽东的赞扬，而现在却又受到人们的批判……
实际上毛泽东对于人口多一些好还是少一些好，内心一直是矛盾的。直到“大跃进”开始，粮食卫星飞上天，毛泽东的思想才确定下来，毛泽东说:“现在看来，搞十几亿人口也不要紧。”
此时，马寅初并不清楚，他的理论已经面临着最高决策层的挑战。陈伯达在北京大学举办60年校庆的大会上，就指名道姓地说:“马老要为《新人口论》做检查。”刘少奇在中国共产党八届二次会议上作报告时，也不点名地批判了马寅初。
7月9日，毛泽东召见邵力子、陈叔通、黄炎培、章士钊、李济深、张治中等党外人士，听取他们对“大跃进”的意见。为遭到批判的马寅初而担忧的邵力子，并未因此而放弃自己的主张，他抓住时间向毛泽东进言，希望毛泽东支持节育，毛泽东坚持自己的观点说:“人口问题，目前还不严重，可以达到八亿时再讲人口过多。”但又应付了一句:“但对计划生育，仍应实施”。
而此时的马寅初面对对他不公正的批判却变得愈加冷静。他认定自己的理论是正确的，并于当年5月9日和7月24日—31日在《光明日报》上发表了《再谈我的平衡理论中的‘团团转’理论》和《再谈平衡论和团团转》两文，但马寅初也并没有认为自己的理论已经十全十美，所以，从8月开始，他多次走出校门，到外地搞调查，以求证实和完善自己的理论。
1959年，庐山会议后，全国再次掀起批右高潮。周恩来特意约马寅初谈了一次话，劝马寅初不要过于固执，从大局着眼，还是写个检讨好。别人劝马寅初，马寅初还可以不放在心上，周恩来劝马寅初，马寅初就不得不认真对待了。
这次谈话后，马寅初仔细地对《新人口论》进行了梳理，看看是否真有什么错误。但梳理的结果，证明并没有错。他仔细阅读了报刊上发表的批判他的文章，对这些文章的主要观点一一进行反驳，又写成5万余字的《我的哲学思想和经济理论》一文，文章的后面还有两篇附带声明，其一是“接受《光明日报》的挑战书”，其二是“对爱护我者说几句话并表示衷心的感谢”。马寅初将手稿送到《新建设》杂志编辑部，要求尽快发表。
马寅初的倔强是出了名的。马寅初常对人说:“言人之所言，那很容易，言人之所欲言，就不太容易，言人之所不敢言，就更难。我就言人之所欲言，言人之所不敢言。”
《新建设》杂志编辑部收到马寅初的文稿后，不敢擅自作主，将文稿送中共中央宣传部和中央理论小组审阅。当时任中央理论小组组长的是康生。
康生是靠整人起家，善搞“莫须有”的老手，有两种人他是绝不放过的，一种是对他的政治前途有影响的人，一种是可以为他的政治生涯铺路的人，马寅初当然就属于这后一种的人。
自从毛泽东发动“大跃进”以来，对人口问题有过多次论述，特别是毛泽东在上年8月讲“人口的观念要改变”，康生就一直等待机会，当他看到马寅初的文章和附带声明中的:“我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单身匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以压服不以理说服的那种批判者们投降。”就大发其火，决定向马寅初动手了。
10月24日，康生召集理论界和有关报刊负责人开会，部署对马寅初的全面批判。他得意地说:“马寅初送给《新建设》的文章，原来我担心他会把辫子藏起来，改变观点。现在看全部未变，他的观点暴露出来了，有辫子。对马寅初过去在《光明日报》上发表的文章进行批判，没有正规地搞，《人民日报》没有搞，还没有正规战，只是游击战。现在他挑战，应当应战。”
他还要《新建设》赶快把这篇文章登出来。一次全文发表，而且要快发表。为了掩盖他的鬼魅之心，他还布置对党外先不要讲“批判。”
11月初的《新建设》全文刊登了马寅初的文章，发表编者按。12月初就组织大批判。康生指使说:“批判他的文章不一定多，份量要重，可以和他过去的理论联系起来批判。马寅初是一个代表，要花点功夫把他的经济理论看看。不要说他胡说八道，资产阶级学者就是这个水平。”还指示，“北京市委、中央宣传部要考虑:马寅初还当不当得成北大校长？批判完了要准备换人。可以尽量揭露，不要给他戴错帽子，但是适当的帽子不可不戴。”
马寅初的文章发表后，报刊上就开始发表批判文章，北大也组织了“批马”座谈会。一天，康生亲临北大座谈会现场，听到发言者都不能击中要害。他越听越觉得有必要“定个调子”加以引导，于是他打断别人的发言说:“马寅初曾经说过，有人说他是马尔萨斯主义者，但他不同意。他说马尔萨斯是马家，马克思也是马家，而他是马克思的马家。我看这个问题，现在是该澄清的时候了。我认为马寅初的《新人口论》，毫无疑问是属于马尔萨斯的马家。”在康生的直接指挥下，北京大学掀起了围剿马寅初的高潮。铺天盖地的大字报布满了北大校园，连马寅初的住宅燕南园36号也贴满了大字报。全校的批判会连续不断，语言越来越粗暴，帽子越扣越大。对此，康生还不满意，12月23日，康生以个人名义给理论界和有关报刊负责人写了一封信，指使他们:“在批判《新人口论》的时候，要学习毛主席的六评白皮书，特别是《唯心历史观的破产》一文，要像批判美帝国主义分子艾奇逊那样来批判马寅初。”
遭到批判
1957年6月8日，《人民日报》发表社论《这是为什么？》，此后，中共领导的整风运动转入反右。1957年11月11日，《光明日报》社务委员会邀请各民主党派中央负责人及马寅初等无党派人士举行会议，决定正式撤销右派分子章伯钧的《光明日报》社社长职务、右派分子储安平的《光明日报》总编辑职务，任命杨明轩为社长，陈此生为副社长兼总编辑。马寅初及其人口论并未受到中央层面的重点批判。从1957年至1959年，《人民日报》仅发表了三篇涉及批评马寅初的文章。1957年10月4日，《人民日报》发表署名李普的《不许右派利用人口问题进行政治阴谋》，1958年6月6日，《人民日报》发表署名“权仲”的《我国人口和就业问题》，1959年4月15日发表署名“若水”的《人口与人手》。这三篇文章中，署名“权仲”的《我国人口和就业问题》点了马寅初的名字，其他两篇未直接点名。三篇文章的批判重点都不是马寅初。
