1958年，中华人民共和国开展了民主党派整风和高校“双反”运动。1958年1月，马寅初的《我的经济理论、哲学思想和政治立场》一书出版。其后，《计划经济》发表了针对马寅初的经济理论进行商榷的文章，《经济研究》和《教学与研究》也启动了刊发商榷文章的活动。1958年4月19日，民主党派共同主办的《光明日报》以反映全国“双反”运动的形式，在新开辟的“读书”栏目第3期上以“选自北京大学的大字报”的方式，刊登了韩佳辰的《“团团转的联系”不是唯物辩证法——评马寅初着〈我的经济理论、哲学思想和政治立场〉》以及中国革命史教研室周家本、强重华的《评马寅初的“新人口论”》这两张大字报，由此揭开了批判马寅初的序幕。5月9日，《光明日报》刊登了马寅初《再谈我的平衡论中的“团团转”理论》一文，文中马寅初进行了申辩。此后，《光明日报》刊登了一批批判马寅初的文章。6月1日，《光明日报》以“学术动态”综述的方式刊发了《是无产阶级思想？还是资产阶级思想？学术界对马寅初论着展开辩论》，提升了批判调门。6月6日《人民日报》发表权仲的《我国人口和就业问题》点了马寅初的名字后，《光明日报》一度加速刊登批判马寅初的文章。11月29日，《光明日报》在“彻底批判资产阶级学术思想”的标题下，发表了“北京大学经济系批判马寅初经济思想小组”的3篇批判文章，此后，《光明日报》暂停了对马寅初的批判。截至1958年11月份，《光明日报》发表了37篇批判马寅初的文章，其他中国各报刊（2家报纸，10家学报或学术期刊）公开发表了30篇批判马寅初的文章，合计67篇.这些批判指控马寅初的新人口论源于马尔萨斯人口论，企图怀疑社会主义优越性，蔑视人民大众，等等。
1959年，马寅初仍然正常参加各种国事活动。3月12日，继续当选第二届全国人大代表。4月12日，当选第三届全国政协委员。4月27日，当选第二届全国人大常委会委员。5月2日，马寅初作为中苏友好协会副会长参加了中苏友协第三次全国代表会议，并当选为新一届理事。5月3日，马寅初参加首都纪念“五四”40周年纪念活动，在主席台前就座。9月15日，马寅初参加了毛泽东主席邀请各民主党派团体负责人会议。9月28日，马寅初在中华人民共和国成立10周年庆祝大会上和毛泽东、刘少奇等党和国家领导人在主席台就座
1959年底之前，仅有《新建设》、《经济研究》、《厦门大学学报》各刊登1篇批判马寅初的文章。
1959年3月，马寅初要求《北京大学学报》第1期全文转载其分4天刊登在《光明日报》的《再论平衡论和团团转》。《新建设》1959年11月号和《北京大学学报》第5期同时发表了马寅初写的《我的哲学思想和经济理论》一文。此后，《光明日报》1960年1月开始、《新建设》1959年12月号等报刊接连发表批判文章。1959年12月19日，《新建设》杂志向中共北京大学党委（陆平任党委第一书记）发来一封信函，内称马寅初送来《重申我的请求》一文，要求发表在《新建设》1960年1月号上，《新建设》杂志将该文随此信函寄给中共北京大学党委，希望后者审看。12月24日，北京大学“人口问题研究会举行学术讲演会”“批判马寅初‘人口论’”。自此至1960年1月，北京大学的北京大学毛泽东经济思想学习研究会、北京大学毛泽东哲学思想学习会、北京大学人口问题研究会掀起了批判马寅初的高潮。1960年1月11日，上述三个学会联合召开“马寅初经济理论哲学思想和政治立场讨论会”，会上除了一些教师发言外，校办秘书韩苹卿揭发马寅初持有巨额股票，并揭发马寅初反对土地改革，同情右派分子罗隆基和章伯钧、章乃器。韩苹卿的揭发激起了与会者的公愤，马寅初遭到与会者围攻。
1960年1月12日，马寅初血压升至190，住院治疗。1960年1月13日，《北京大学校刊》报道了上述三个学会联合批判马寅初的会议情况，以及陈岱荪等人在会上的批判发言。此后，北京大学再无关于马寅初的消息发表。
1960年，《新建设》1960年1月号发表了马寅初《重申我的请求》，内称，“过去二百多位先生所发表的意见多是大同小异，新鲜的东西太少，不够我学习”。1960年1月，马寅初请辞北京大学校长职务。3月28日，国务院决定免去马寅初北京大学校长职务。
此后，马寅初的政治和生活待遇均未发生变化，仍任第二届全国人大常委等职务。1962年1月，马寅初到浙江嵊县视察，“患肺炎，此后元气大伤，双腿行动不便”。1963年又被免去第二届全国人大常务委员会委员职务。此后长期蛰居寓所，撰写探索中国农业经济规律的巨着——《农书》，至1965年完成初稿，约100万字，在文化大革命中，被付之一炬。1965年，马寅初一条腿瘫痪。1964年底到1965年初，两会召开，马寅初卸任全国人大常委，改任全国政协常委。1965年8月7日，周恩来主持茶话会欢迎归国的李宗仁，马寅初应邀出席。同年，纪念孙中山诞辰100周年筹委会成立，刘少奇为主任，马寅初等人为委员。
晚年生活
1972年，因患直肠癌，经周恩来总理批示，天津市人民医院院长、“反动学术权威”金显宅率医疗小组为90岁的马寅初做直肠癌切除手术。手术后，马寅初下半身全部瘫痪。
1976年周恩来逝世后，马寅初到医院向遗体告别。1977年5月1日，马寅初参加了中共中央主席、国务院总理、中央军委主席华国锋出席的游园活动，这是“文化大革命”结束后首度社会各界首次举行的重大活动。1978年初，邓小平第3次复出后，担任第五届全国政协主席，马寅初被安排为全国政协常委，并为全国政协大会执行主席之一。
1979年9月，平反后担任北大名誉校长，并重新当选为第五届全国人民代表大会常委会委员。1981年2月27日，当选为中国人口学会名誉会长，1981年3 月29日，当选为中国经济学团体联合会第一届理事会顾问。
1982年5月10日，马寅初走完了整整一个世纪的人生历程，驾鹤西行，魂归道山，享年101岁。应了中国的一句老话——仁者寿。
马寅初教授毕生从事经济学的教学与研究工作，为国民经济综合平衡、稳定物价、控制人口等重大问题献计献策，为国家经济建设和经济科学、人口科学学科建设做出了卓越的贡献。.
回乡完婚
1901年，马寅初回乡度假，顺从父母之命，与家乡姑娘张团妹结婚。张团妹目不识丁，生性忠厚、善良，擅长口味醇正的家乡菜肴；她为自己能嫁给会读书的丈夫心满意足。婚后，孝敬公婆，善待马家兄妹。马寅初见妻子贤惠体贴，颇为满意，夫妻和谐。
婚后一年，双喜临门，张团妹生了个胖儿子，马寅初以优异成绩考上了天津北洋大学，远出求学。
妻妾共聚
马寅初独处海外10年，未因两地分居而移情别恋，但也未摆脱旧社会“一夫多妻制”的影响，1917年，马寅初回国两年后又与嵊县姑娘王仲贞结婚。从此，马寅初的家里就有两个妻子，并先后接到北平团聚。马寅初对两位妻子很好，张团妹和王仲贞也非常融洽，互相关心，体贴照顾，这类家庭在当时相当少见。
坚定斗士
1947年5月23日，上海大、中学校学生为了声援南京“520惨案”举行罢课。当时在中华工商学院执教的马老毅然贴出一张声明：“本教授遵照上海市学联罢教一天。”接着又准备到南京演讲，揭露国民党发动内战，出卖民族利益等罪行。据说有人威胁说：“马寅初敢去演讲，就干掉他！”马老不顾个人安危，只身前往南京，临行给家属留下了遗嘱。
1947年冬天，马老在学校小礼堂做演讲。会前，发现校内有特务跟踪，马老从容不迫走进会场，义愤填膺的说：“我晓得人群里面有特务，用手枪瞄准我的胸膛。我不怕！怕就不会到这里讲话了。我反对国民党贪污腐化，反对蒋介石的独裁……我不要当立法委员……有人骂我当学生尾巴，有人却当了美国人的尾巴，那才是可耻的……”会场上报以暴风雨般的掌声。
马老曾经当过蒋介石的老师。在抗日期间蒋介石送来名片，用委员长的名义请他赴宴。马老对来人说：“委员长是军事长官，我是个文职，文职不去拜见军方！再说我给委员长讲过课，他是我的学生。学生不来拜见老师却叫先生去拜见学生，岂有此理！他如真有话说，叫他来找我！”蒋又派人游说：“委员长说了，您是他的老前辈，既是老师，又是浙江同乡。委员长推荐您任财政部长，或者是中央银行行长。”马老笑道：“你们想弄个官位把我嘴巴封住，办不到！”来人说：“那么，请马老先生买些美钞吧，政府批给您一笔外汇，这可是一本万利的生意啊！”马老答道：“不，不！这种猪狗生意我不做！我不去发这种国难财！”来人只得灰溜溜的走了。
风趣对话
马寅初曾斩钉截铁地跟主席讲：“中国人口太多是因为农村晚上没有电！”。毛主席回答：“你马寅初生了七个子女，是不是你家晚上也没有电啊？” 马寅初满面通红，无言以对。
又一次说词，有一次在中南海开会时，马寅初向毛泽东提出请求：“要‘兄弟’把北大办成第一流学府，主席您就得支持我的工作。”毛泽东笑着问：“马老，您要怎样的支持呢？”马寅初说：“不要别的，只希望主席能批准，‘兄弟’点名邀请谁到北大演讲，就请不要拒绝。”毛泽东高兴地答应了马寅初的请求。
有一个佐证，1951年6月1日，在北京大学的民主广场举行校长马寅初就职典礼，场面庄重热烈，马寅初在致辞中仍然自称“兄弟”，他说：“‘兄弟’既受政府任命我就依照政府意旨做事，希望大家互相学习、互相帮助，努力完成我们的任务。”
长寿秘诀
让大脑常运动
马老在大学读书时，就因勤于钻研、学业成绩优异被保送留学美国，获得了经济学博士学位。1915 年回国后，就任北京大学教授。他曾先后任国民党政府立法院经济和财政委员会委员长、上海交通大学教授、北京大学校长等职。虽然工作繁忙，但他仍坚持写作，发表文章。勤于用脑使他长寿。英国的神经生理科学家经过长期研究后认为，人脑紧张工作开始得越早，持续的时间越长，细胞的老化过程就发展得越慢。人的大脑受训练越少，衰老也越快。
登山健身益寿
马老极喜欢爬山运动。他每到达一地，首先打听附近的地理山势，以便早晨爬山选择登山路线。他在四川时常常爬山，后来到了北京仍坚持爬山，无论寒暑，从不间断。
冷水浴有助长寿
马老一生坚持冷水浴达70年。由于长年坚持冷水浴，以至他在76 岁时，到协和医院做全面检查，结果除了体重超重外，内脏各个器官的功能都很正常，和30岁的壮年人差不多。马老认为，这与他长年坚持冷水浴是分不开的。
体育锻炼不可缺
马老平时非常重视身体锻炼。1956 年，他的一条腿不幸瘫痪，他每天拄着拐杖，拖着瘫痪的腿坚持行走五六千步。后来病情严重，拄拐也无法迈步时，他就每天围着茶几转上几百圈，坚持锻炼了7年。1972年，两条腿都瘫痪后，他仍以惊人的毅力躺在床上或坐在轮椅上进行上肢的锻炼。
寅初排骨
原料：猪小排300克 红枣10颗，鸡蛋2个，面粉四两，葱姜蒜各适量
调料：酱油50克，糖75克 醋一两 绍兴黄酒100毫升
将猪小排洗净，放入用黄酒、酱油、葱姜蒜泡好的调料中，再沾上面粉后裹上蛋液，入油锅炸至全熟，糖用水化开，加醋及少许黄酒倒入锅中翻炒，再将翻炒后的糖醋调料浇在炸好的排骨上。
特点：香美可口，肉酥烂
相传马寅初从小家境贫寒，父亲以酿酒养猪为业，一日马寅初学成归来，父亲杀猪烧肉为其接风洗尘，不料烹饪间将糖当盐倒入锅中，马寅初竟大觉好吃。于是此菜流传下来，名为“寅初排骨”成为嵊县一大名菜。杭州庆春路上的马寅初纪念馆中有此菜的详细记载，并且还出售马寅初喜欢吃的东坡肉和排骨。
民族之辨
【认为马寅初是汉族的理由：
在2006年以前，关于马寅初的任何可信的传记与年谱，均未提及马寅初是回族。而从2006年以后，“马寅初是回族”一说甚嚣尘上，一些人甚至据此攻击马寅初的“人口论”是企图让汉族“亡族灭种”的阴谋，使马寅初背上了不白之冤。事实上，从可信的记载来看，马寅初显然是汉族人，而“回族说”全部来自网络，但没有一条注明了可靠的证据，全部是根据马寅初姓氏（马姓）的臆断。
马寅初是汉族，有以下证据：
（一）马家世代相传，赖以为生的家族产业是酒业，马寅初的父亲毕生经营的事业恰是酿酒与卖酒，以伊斯兰教的教义来看，这是和猪肉一样不可原谅的行为。马寅初不可能是回族。
（二）马寅初纪念馆在杭州庆春路上，馆中介绍马寅初生平的文字中，明确说明他是汉族人。
（三）浙江为数不多的标注为回族身份的居民都是近代从外地迁入。马氏是浙江嵊县的世家大族，并不是近代迁入，而且其后人声称有明确的汉人源流。据谷来镇马村《马氏宗谱》记载，嵊州马姓应该是唐代大书法家虞世南的后裔，后来才改姓“马”。
（四）从“寅初排骨”的来历可见，马寅初从小吃猪肉，家里还养猪，根本不可能是回民。
（五）在马寅初的老家嵊州的官方网站上（这是当地官方指定的唯一新闻网站），明确指出他是汉族（见右侧网站截图）。马先生是哪个民族，他老家的人最清楚。
(六) 马寅初同乡专门撰写了辟谣文章--人口学家马寅初回族说毫无根据--嵊州新闻网
附：认为马寅初是回族的依据其实只有一个网页
，网页上把马寅初列为回族，并且说他被收录在民族出版社出版的《少数民族人物传》第四卷中。
